An einem Strand wacht man nach einer Ohnmacht auf und ein Pokémon spricht mit einem. Als man etwas verwirrt dreinschaut, bekommt man erzählt, dass man selbst ein Pokémon sei. Komisch ... Dabei ist man doch eigentlich ein Mensch. Doch die Erinnerungen sind verblasst und so bleibt einem in diesem Spiel keine andere Chance, als in der Welt der Pokémon nach der Lösung des Rätsels zu suchen. Doch der Welt der Pokémon steht eine Katastrophe bevor. Jemand hat die Zahnräder der Zeit ins Ungleichgewicht gebracht, wodurch die Zeit verrückt spielt und immer mehr böse Pokémon auftauchen.

Der Spieler schlüpft nach einer kleinen Fragerunde zu Beginn des Spiels in die Rolle eines von sechzehn Pokémon, das nach dem Test zu der eigenen Persönlichkeit passen soll. Danach kann man sich einen Begleiter aussuchen, der einen durch die Abenteuer als treuer Freund zur Seite steht. Dieser findet den Spieler am Strand, und hilft ihm immer wieder mit Erklärungen, und im Kampf gegen böse Pokémon.

Zusammen beschließt das Paar, ein Erkundungsteam zu werden und sich den Abenteuern eines solchen Teams zu stellen. Doch dazu müssen sie erst einmal Mitglied der Knuddeluff-Gilde werden. Als neues Erkundungsteam der Gilde übernehmen die beiden Abenteurer erst kleinere und dann immer größere Aufgaben. Nach und nach wachsen sie so und versuchen das Rätsel um die gestohlenen Zahnräder und um die Vergangenheit des Spielers zu lösen.

Das Abenteuer ist in Dungeons aufgebaut. Mit seinem Team zieht ein Spieler durch die verschiedenen Etagen eines Dungeons, um die unterschiedlichsten Aufgaben zu erfüllen. Die Aufgaben können das Wiederbeschaffen von Gegenständen, Retten von anderen Pokémon, das Stellen von Verbrechern, das Erkunden von Gegenden und vieles mehr sein. All dies ist in den Dungeons dargestellt, in denen man auch immer wieder feindlich gesinnten Pokémon begegnet.

Zu Beginn ist das Spiel sehr zähflüssig. Dass man ein paar Fragen beantworten muss und dann ein Pokémon je nach Typ zugewiesen bekommt, ist witzig. Die anfänglichen Videosequenzen sind auch noch nett, aber genau die sind es, die nach kurzer Zeit zu nerven anfangen. Oftmals sind Erklärungen und alltägliche Routinen in Videosequenzen verpackt, die den Spielverlauf stark verlangsamen. Geht man beispielsweise in einem Dungeon k.o., so bekommt man erst einen traurigen Partner zu Gesicht, der immer die gleichen Sätze aufsagt, danach wird das Abendessen in der Gilde dargestellt, dann das übliche Gute-Nacht-Ritual zwischen den Partnern, gefolgt von dem Text "Am nächsten Morgen...", einem schreienden Pokémon als Wecker und einer morgendlichen Begrüßung des Gildenführers. Was in der Aufzählung langatmig ist, wird auch im Spiel nicht besser, vor allem da es jedes Mal wieder das Gleiche ist und man es keineswegs beschleunigen kann.

Dennoch überzeugt das Spiel mit zufällig erzeugten Dungeons, die immer anders aussehen, knallbunter Grafik, vielen Pokémon - natürlich - und einem netten Spielprinzip. Fans der Serie werden es lieben, als Pokémon die Welt zu erkunden und wenn man sich erst einmal an die schnelle Art gewöhnt hat, in der die Kämpfe geführt werden, meistert man die Herausforderungen mit viel Freude. Anhänger der Serie werden das Spiel lieben, wer nichts von der Serie hält, wird sowieso nicht in die Versuchung kommen, sich das Spiel zu kaufen.
Die Steuerung des Spiels ist jedoch bescheiden. Der Touchscreen des Nintendo DS wird nur selten genutzt. Stattdessen handelt man eigentlich nur mit Steuerkreuz und den vier Buchstaben-Tasten. Das hätte man weiter ausbauen und schöner gestalten können.